சங்ககால பாண்டிய நாட்டின் தலைநகர். உமையம்மை பாண்டிய மன்னனுக்கு மகளாகப் பிறந்து அங்கயற்கண்ணி என்னும் திருநாமத்துடன் வளர்ந்து வந்தாள். திருமணப் பருவம் அடைந்ததும் சிவபெருமான் சோமசுந்தரராக சகல தேவகணங்களுடன் வந்து மீனாட்சியைத் திருமணம் செய்துக் கொண்டு மதுரையம்பதியை ஆண்டதாக வரலாறுகள் தெரிவிக்கின்றன. சிவபெருமானுடைய பாம்பு, தனது வாலை வாயினால் கவ்வி வட்டமாக இவ்வூரின் எல்லையைக் காட்டியதால் 'ஆலவாய்' என்று அழைக்கப்படுவதாக புராணங்கள் தெரிவிக்கின்றன.

மூலவர் சொக்கநாதர், பெரிய லிங்க வடிவில் தரிசனம் தருகின்றார். அம்பாள் தனி சன்னதியில் மீனாட்சி என்னும் திருநாமத்துடன் அழகிய வடிவில் காட்சி அளிக்கின்றார். சொக்கநாதருக்கும், மீனாட்சியம்மை சன்னதிக்கும் இடையில் முருகப்பெருமான் சன்னதி உள்ளது. இது சோமாஸ்கந்த வடிவம் என்று வணங்கப்படுகிறது. இக்கோயிலில் உள்ள முக்குறுணி விநாயகர் மிகப்பெரிய வடிவில் தரிசனம் தருகின்றார்.

சிவபெருமான் 64 திருவிளையாடல்களை நிகழ்த்தியருளிய தலம். சங்கம் வைத்து தமிழ் வளர்த்த பதி. நக்கீரர், பரணர் போன்ற சங்கப்புலவர்களுடன் சிவபெருமானும், முருகப்பெருமானும் முன்னின்று தமிழை உயர்த்திய தலம். இக்கோயிலில் உள்ள பொற்றாமரைக் குளத்தில்தான் திருவள்ளுவரின் திருக்குறளை ஏற்றி சங்கப்புலவர்களுக்கு அதன் சிறப்பை ஔவையார் உணர்த்தினார்.

அரிமர்த்தன பாண்டிய மன்னன் காலத்தில் திருவாசகம் அருளிய மணிவாசகப் பெருமான், 'தென்னவன் பிரம்மராயன்' என்னும் பெயருடன் பாண்டியனுக்கு அமைச்சராக பணிபுரிந்த இடம். மும்மையால் உலகாண்ட மூர்த்தி நாயனார் அரசாட்சி செய்த பதி.

கூன்பாண்டியன் என்னும் பெயர் கொண்ட நின்றசீர் நெடுமாற நாயனாரும், அவரது துணைவியார் பாண்டிமாதேவி மங்கையர்க்கரசியார், அமைச்சர் குலச்சிறை நாயனாரும் அரசாட்சி செய்த தலம். கூன்பாண்டியன் சமண மதத்தை சார்ந்தபோது பாண்டிமாதேவியும், அமைச்சர் குலச்சிறையாரும் திருஞானசம்பந்தரை அழைத்து சமணர்களை வாதில் வென்ற வரலாற்றுச் சிறப்புமிக்க நகரம். 'மந்திரமாவது நீறு' என்னும் திருநீற்றுப் பதிகம் பாடி பாண்டியனுடைய சுரத்தை போக்கிய தலம்.

நடராஜப் பெருமானின் பஞ்ச சபைகளுள் மதுரையும் ஒன்று. வெள்ளியம்பல சபை என்று அழைக்கப்படுகிறது. பாண்டிய மன்னனுக்காக சிவபெருமான் காலை மாற்றி ஆடிய இடம். நடராஜரின் மிகப்பெரிய கற்சிலை வெள்ளிக்கவசம் சாத்தப்பட்டு மிகவும் அழகாக உள்ளது.

குமரகுருபரர் 'மீனாட்சியம்மை பிள்ளைத் தமிழ்' பாடி, அதை அரங்கேற்றியபோது அன்னையே ஓர் இளம்பெண்ணாக வந்து தமது கழுத்தில் இருந்த முத்துமாலையை பரிசாக அளித்த அற்புதம் கடந்த நூற்றாண்டில் இக்கோயிலில் நடந்தேறியது.

வருடம் முழுவதும் திருவிழா நடைபெறும் தலங்களுள் ஒன்று. சிவபெருமானின் திருவிளையாடல்கள் திருவிழாவாக நிகழ்த்தப்படுகின்றன. சித்திரைப் பெருவிழா மிகவும் பிரசித்தி பெற்றது. சோமசுந்தரக் கடவுளுக்கும், மீனாட்சிக்கும் திருமண உற்சவம் நடைபெறும்போது, திருமாலிருஞ்சோலையில் இருந்து கள்ளழகர் புறப்பட்டு வந்து வைகையில் இறங்கும் காட்சியை பல இலட்சம் பக்தர்கள் கண்டு பரவசம் அடைவார்கள்.

இக்கோயிலில் 14 கோபுரங்கள் உள்ளன. நான்கு மாடவீதிகளிலும் மிகப்பெரிய கோபுரங்கள் உள்ளன. கோயிலைச் சுற்றி தமிழ் மாதங்களின் பெயர்களில் தெருக்கள் அமைந்துள்ளன. தீர்த்தம் பொற்றாமரைக் குளம், வைகை நதி. தல விருட்சம் கடம்ப மரம்.

அருணகிரிநாதர் இத்தலத்து முருகனை தமது திருப்புகழால் போற்றிப் பரவியுள்ளார்.

திருஞானசம்பந்தர் பத்து பதிகங்களும், திருநாவுக்கரசர் இரண்டு பதிகங்களும் பாடியுள்ளனர். மாணிக்கவாசகர் தமது திருவாசகத்தில் 4 இடங்களில் மதுரையம்பதியைப் பாடியுள்ளார்.

இக்கோயில் காலை 6 மணி முதல் மதியம் 12.30 மணி வரையிலும், மாலை 4 மணி முதல் இரவு 9 மணி வரையிலும் திறந்திருக்கும்.